Premiada en tres ocasiones con el prestigioso premio American Illustration y en una ocasión el Premio Internacional Motion Awards en Nueva York, certamen que elige a los mejores ilustradores del mundo y cuyo jurado conforman los directores de arte de medios como la revista TIME, Smithsonian, Wired, News Week, Vogue Magazine, National Geographic, New Yorker Magazine, Politico, o Harvard Magazine entre otros, Bakkali ha recibido en cuatro ocasiones el premio de plata de la editorial neoyorquina Graphis, así como varias menciones de honor. Graphis editorial de referencia desde 1944 que cada año elige las mejores obras visuales del mundo. Asimismo, ha sido premiada en diferentes certámenes internacionales de arte y diseño en Londres, Paris, Nueva York, etc. En 2018 obtuvo el Premio Nuevo Talento del Salón Internacional Artistas del Mundo de Cannes, evento patrocinado por el ayuntamiento de la ciudad francesa.

La mayoría de los trabajos de Houda Bakkali han sido galardonados con prestigiosos premios internacionales por su marcado compromiso con el empoderamiento de la mujer y con la comunidad LGTBIQ+.